樣品的處理包括稱量、溶解到標記稀釋等步驟。樣品處理要盡量減少操作者的技術問題帶來的誤差，樣品的稀釋次數(shù)、稀釋工具都是誤差的來源

在分析中因輸液泵的故障而引起分析結果的不準確是很常見。如塵埃、垃圾等污染物進入輸液流道內，引起配管堵塞，單向閥污染引起壓力不穩(wěn)，密封墊損壞導致系統(tǒng)漏液，柱塞桿損壞引起無流動相流出，壓力波動。保證輸液泵的穩(wěn)定和正常運行對分析結果的準確性、降低誤差是非常重要的。

配置引起的誤差、線上混合泵失靈引起的比例誤差、放置后組成的變化。例如使用揮發(fā)性溶劑，真空脫氣引起揮發(fā)性成分的損失；流動相吸收空氣中二氧化碳引起pH改變。流動相組成變化對t_R值大的組分影響更大。反相溶劑微小的變化，會引起保留時間相當大的變化。

流動相對色譜柱進行沖洗30min后，每隔10min~20min重復進相同的樣品，如保留時間不變表明已平衡。應注意，柱可能對某一組分平衡，而對其它組分尚未平衡。因此只有對所有的組分都平衡，才能正式分析樣品。